Alvaro Pereira è l'ultimo acquisto dell'estate 2012 e arriva in nerazzurro per completare la rosa a disposizione di Andrea Stramaccioni e coprire il buco sulla fascia sinistra. Notevole la cifra investita sul giocatore: 12.2 milioni di euro al Porto per prelevarlo. Il suo rendimento si dimostra notevolmente al di sotto delle aspettative, tanto da essere ceduto, dopo sole due stagioni, al Sao Paulo.